Secara historis berdirinya Yayasan Pendidikan Islam Hasanuddin diawali berdirinya Sekolah Arab yang dipelopori oleh Bapak H. Usman pada tahun 1942, dan dari Sekolah Arab ini menjadi cikal bakal berdirinya SRI (Sekolah Rakyat Islam) pada tahun 1951 dan kemudian berubah menjadi SDI (Sekolah Dasar Islam) dan pada perjalanannya menjadi Madrasah.
Sejarah berdirinya SRI (Sekolah Rakyat Islam) pada saat itu diinisiasi oleh Bapak H. Usman mendatangi Kampung Kusamba, Kampung Gelgel, Kampung Jawa, dan termasuk Kampung Lebah untuk mendukung berdirinya sekolah. Pada awal berdirinya, sudah berkali-kali Bapak H. Usman mengusahakan berdirinya sekolah namun terkendala dan terbentur masalah tanah, dan beliau berusaha mendapatkan tanah wakaf, yaitu dengan mendatangi:
- Tuan Guru di Kampung Lebah, namun tidak dibolehkan karena tanah wakaf tidak boleh ditukarkan.
- Bapak H. Thahir Kampung Kusamba juga tidak mengizinkan.
- Bapak H. Ahmad Kampung Jawa juga tidak mengizinkan.
- Tuan Guru Semarang (Tuan Guru Ahmad Gelgel) pada awalnya tidak mengizinkan, namun Bapak H. Usman menyampaikan bahwa ketika beliau menimba ilmu di Mekkah Al-Mukarromah beliau menyaksikan pertukaran wakaf Al-Qur’an dari yang sudah lama rusak ditukarkan Al-Qur’an yang baru. Dengan demikian, Tuan Guru Semarang mengizinkan pertukaran tanah wakaf untuk keperluan pendidikan.
Hasil pertemuan Bapak H. Usman dengan Tuan Guru Semarang itulah yang dijadikan landasan pertukaran tanah wakaf 12 are yang terletak di Uma Desa dengan tanah milik pribadi yakni Bapak Suhaimi (tanah lokasi MII sekarang).
Sejak berdirinya SRI 12 Desember 1951, maka pada tahun 1956 SRI (Sekolah Rakyat Islam) dapat mengeluarkan Ijazah sendiri, yang menandatangani adalah Bapak H. Usman, dan salah satu yang mendapat Ijazah SRI (Sekolah Rakyat Islam) adalah Bapak H. Halid (Pendiri sekaligus Pembina Yayasan).
Seiring berjalan waktu, sekolah tersebut telah bermetamorfosa menjadi madrasah tentu perlu dikelola dengan baik. Oleh karena itu Bapak H. Usman membentuk Pengurus Madrasah, diantara Pengurus yang diangkat pada masa itu adalah Bapak Ya’kub, Bapak H. Khairudin (Ayahanda dari Bapak H. Halid Pembina Yayasan), dan Bapak Marwal. Pengurus Madrasah ini dibentuk untuk mengurus dan membiayai operasional pendidikan di madrasah melalui partisipasi masyarakat. Pengurus Madrasah inilah yang pada akhirnya nanti menjadi cikal bakal embrio pembentukan Yayasan pada tahun 1982. Pada tahun 1982 di masa kepemimpinan Bapak H. Fuad Abdullah At-Tamimiy (Masa Jabatan 1980-1985) mendaftarkan Yayasan kepada Notaris yang mana pada saat pertama kali didaftarkan bernama “Yayasan Pendidikan Islam Al-Hikmah” berdasarkan Akta Notaris Nomor 47 Tahun 1982 yang menangani 4 lembaga, yaitu Masjid Al-Hikmah, PTA Al-Hikmah, MII Klungkung dan SMP Hasanudin.
Yayasan ini pada awal mulanya bernama “Yayasan Pendidikan Islam Al-Hikmah” berdasarkan Akta Notaris Nomor 47 Tahun 1982. Namun, setelah diundangkannya Undang-Undang Nomor 16 Tahun 2001 tentang Yayasan dan Undang-Undang Nomor 28 Tahun 2004 tentang Perubahan Atas Undang-Undang Nomor 16 Tahun 2001 tentang Yayasan, maka yayasan harus memperbaharui Akta Notaris. Pada tahun 2007 Yayasan Pendidikan Islam Al-Hikmah memperbaharui Akta, namun “Al-Hikmah” telah dipakai untuk nama yayasan lain. Oleh karena itu, nama yayasan kemudian berganti nama menjadi “Yayasan Pendidikan Islam Hasanuddin” dengan Akta Notaris Nomor 17 Tahun 2007 dengan Notaris I Gst Ny. Rupini dan sebagaimana telah diubah Nomor 7 Tahun 2007 dan mendapatkan pengesahan Akta Notaris berdasarkan Keputusan Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia Republik Indonesia Nomor: C-3263.HT.01.02.TH 2007.
Pada tanggal 26 Pebruari 2021 Yayasan Pendidikan Islam Hasanuddin mengajukan perubahan Pembina, Pengurus, Pengawas, Alamat Lengkap Yayasan dan perubahan Pasal 3 Anggaran Dasar Yayasan sesuai dengan hasil rapat Pembina kepada Notaris M. Taufiqur Rachman, SH., M.Kn yang beralamat di Jalan Pattimura No. 29 Kelurahan Semarapura Tengah, Kecamatan Klungkung, Kabupaten Klungkung, Provinsi Bali, Telpon. (0366) 23890. Berdasarkan pengajuan tersebut, maka pada tanggal 10 Mei 2021 terbit Akta Notaris Nomor 6 Tahun 2021. Pada tanggal 12 Mei 2021 terbit Surat dari Kementerian Hukum dan Hak Asasi Manusia Direktorat Jenderal Administrasi Hukum Umum Nomor: AHU-AH.01.06-0024747 perihal Penerimaan Perubahan Pemberitahuan Anggaran Dasar dan Data Yayasan Pendidikan Islam Hasanuddin. Pada tanggal yang sama 12 Mei 2021 terbit Keputusan Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia Nomor AHU-0000658.AH.01.05.TAHUN 2021 tentang Persetujuan Perubahan Badan Hukum Yayasan Pendidikan Islam Hasanuddin dan Lampiran Keputusan Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia Nomor AHU-0000658.AH.01.05.TAHUN 2021 tentang Pengesahan Perubahan Badan Hukum Yayasan Pendidikan Islam Hasanuddin.